В состав Москвы территория района вошла в 1960 г. В современных административных границах район был образован в 1991 г., а в 1995 г. получил статус района Москвы.
Название района произошло от, располагавшейся здесь деревни Бескудниково. Впервые она упоминалась в писцовой книге в 1584 г. Тогда она называлась Безкунниково и принадлежала прибалтийскому дворянину Индрику, поступившему на русскую службу во время Ливонской войны. Название Бескудниково использовалось с 1627 г. Село много раз меняло владельцев. Некоторое время оно принадлежало младшей сестре Петра I Наталье Алексеевне. В первой половине XVIII в. возникла деревня Верхние Лихоборы, территория которой также стала частью района.
В 1874 г. в Бескудниково был построен кирпичный завод. Жители села там не работали. Они занимались вязанием, слесарным и столярным делом, продавали молоко жителям Москвы. К концу XIX в. в селе проживало менее двухсот человек. В второй половине XIX в. в Верхних Лихоборах также появились кирпичные заводы. В 1900 г. при прокладке Савёловского направления железной дороги в двух верстах от Бескудниково была построена станция с таким же названием, которая связывалась особой веткой со станцией Лосиноостровской на Ярославском направлении.
После Гражданской войны кирпичный завод в Бескудниково возобновил деятельность в 1926 г., он тогда назывался «заводом № 1 Московского управления промышленности и торговли».
Около станции был построен кирпичный завод №2 и кожевенный завод Моссовнархоза. Станция вскоре стала одной из самых крупных сортировочных станций Московского узла. К началу 1930-х гг. Бескудниково превратилось в рабочий поселок, в котором к началу Великой Отечественной войны проживало 8 тыс. человек. В Верхних Лихоборах в это время было около 2 тыс. жителей. Там в 1920-1930 гг. работали артель «Лихоборский кирпичник», пуговичная артель «Перламутр», колхоз «Победа», мебельная фабрика, фабрики по производству спортивных изделий и радиоприемников.
В 1964 г. на землях бывших деревень началось строительство нового жилого микрорайона.
В конце 1980-х гг. в районе была построена одна из ведущих офтальмологический клиник России «Межотраслевой научно-технический комплекс „Микрохирургия глаза“ имени академика С.Н. Федорова».
Автор текста: Сдвижков Олег Владимирович, историк, автор книг, член Российского военно-исторического общества